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Biodiversité

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Exposé, sujet 3. Association de génomes et diversifications du vivant. by JB De La Salle Lycée Lyon Croix Rousse on Prezi. Transferts de gènes entre espèces et diversification du vivant, sujet 2 by JB De La Salle Lycée Lyon Croix Rousse on Prezi. Colloque IGEN sur la biodiversité. Proposition de correction du DS – 04 Octobre 2012.

Diversité 1génétique au sein d’une espèce

2diversification vivant. 3évolution. Thème 1A :Diversité des êtres vivants. Ressources génétique. Présentation de Rastop. RasTop appartient à la famille des logiciels dérivés de Rasmol.

Présentation de Rastop

Réalisé initialement par Roger Sayle, celui-ci a évolué grâce à divers apports. Il est actuellement dynamisé par Herbert Bernstein à www.openrasmol.org. Diverses versions de Rasmol (2.6 en français, 2.7.2 en anglais, notamment) sont téléchargeables sur le site de l'INRP. Par rapport à Rasmol, RasTop présente entre autres caractéristiques : - un menu très étendu que ne possèdent pas les versions de la famille 2.7 de Rasmol, - une fenêtre unique d'affichage (alors que la version 2.6 de Rasmol en ouvrait 3), - un multi-fenêtrage qui le rend particulièrement adapté à la comparaison de structures, - la possibilité d'ouvrir plusieurs molécules dans chaque fenêtre, - un usage étendu des commandes directes avec les icônes.

Les molécules 3D. Séquences génétiques pour les nouveaux programmes de Lycée (2010-2012) Présentation La mise en place des nouveaux programmes de lycée laisse envisager de nouvelles applications pédagogiques utilisant des données génétiques.

Séquences génétiques pour les nouveaux programmes de Lycée (2010-2012)

Les logiciels "usuels" de traitement de séquences (Anagène, GénieGen, Phylogène) n'intègrent pas à l'heure actuelle ces séquences dans leurs banques de données même s'il existe des ressources disponibles sur le site Access à cette adresse. Dans la mesure où certains collègues ont commencé un travail de recherche de séquences, il nous a semblé opportun de proposer une mutualisation de ces travaux afin de mettre à disposition en un seul lieu l'ensemble de ces données. Sommaire Banque de séquences GFP et mutations Contenu : ADN complet, ADN codant, ARN prémessager, ARNm, Protéine pour la GFP et pour la BFP (mutation de la GFP) Sources : Séquences proposées par Jacques Janin, Ac. Opsines et daltonisme Contenu : ADN codant, Protéine pour le gène de l'opsine "rouge" et version mutée responsable d'un cas de protanopie Sources : CFTR et mucoviscidose. Listes de diffusion Anagène, Phylogène, Rastop.

Depuis quelques mois, l’INRP fait partie de l’ENS de Lyon et s’appelle désormais Institut Français d’Education.

Listes de diffusion Anagène, Phylogène, Rastop

Ce qui entraîne une nouvelle organisation des services informatiques. Les listes de diffusion qui étaient hébergées à l’INRP cesseront de fonctionner au 1er décembre 2011. En ce qui concerne Anagène, Phylogène et Rastop, des dispositions sont prises pour maintenir le contact avec leurs utilisateurs. 1 - Le CNDP, qui diffuse Anagène à titre commercial, a déjà lancé une opération de mise à niveau des versions antérieures du logiciel.

Il prépare une mise à jour qui comportera une actualisation de la banque de données tenant compte des nouveaux programmes du Lycée. Une liste de diffusion spécifique est créée au CNDP à laquelle vous avez la possibilité de vous abonner de deux manières : A partir de la page d’accueil d’Anagène à l’adresse suivante : Ou en envoyant un message à l’adresse suivante : "Recherche - Librairie de molécules" Téléchargements. Séquences moléculaires Logiciels Pour l'exploitation de ces séquences, on peut utiliser les logiciels SEQAIDII (gratuit, sous DOS, téléchargement, installation et prise en main sur Biogéo) ou Anagène (sous Windows, commercialisé par le CNDP).

Téléchargements

Données Toutes les données sont dans des fichiers compactés. Attention : certains fichiers compactés contiennent d'autres fichiers également compactés. Intégrer les thèmes fournis dans une liste de thèmes personnels - Avec Anagène, Ouvrir un thème d'étude (fichier .thm dans le répertoire DEVELOP s'il a été créé) - Choisir Enregistrer, puis Thème d'étude- Ajouter un utilisateur, en fait un dossier regroupant des thèmes, et lui donner un nom en clair - Ajouter un thème et lui donner un nom en clair Voici à titre d'exemple une arborescence possible des données où les dossiers Gènes homéotiques chez l'Homme, la Drosophile, la Souris et le Xénope ont la même structure.