Bioinformatique

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Biosequences databanks

Genome browsers. Multiple alignments. Patterns. Blast bioinformatics. Serveurs publics. Societes de bioinformatique. Bio-informatique. Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.

Bio-informatique

La bioinformatique est un champ de recherche multi-disciplinaire où travaillent de concert biologistes, médecins, informaticiens, mathématiciens, physiciens et bioinformaticiens, dans le but de résoudre un problème scientifique posé par la biologie. Depuis quelques années les progrès de l'informatique (et en particulier de la bioinformatique mise au service de la biodiversité ou « Biodiversity informatics » pour les anglophones) dopent la biologie évolutive en offrant aux chercheurs un accès à un nombre croisant de données sur la diversité et les variation des gènes, ainsi que des génomes, des organismes et de l'environnement en général. Tout cela peut être relié à la phylogénie (de l'étude des populations à celle de clades entiers), via de nouveaux protocoles et réseaux dans le domaine de l'informatique de la biodiversité.

Tutoriel en flash. Thèse de bioinformatique. Thèse soutenue à Rennes le 19/06/2008 Apprentissage d'automates modélisant des familles de séquences protéiques Lien vers le document Cette thèse propose une nouvelle approche de découverte de signatures de familles de protéines.

Thèse de bioinformatique

Etant donné un échantillon (non-aligné) de séquences appartenant à une famille structurelle ou fonctionnelle de protéines, cette approche infère des automates fini s non déterministes (NFA) caractérisant la famille.Un nouveau type d'alignement multiple nommé PLMA est introduit afin de mettre en valeur les similarités partielles et locales significativement similaires. A partir de ces informations, les modèles de type NFA sont produits par un procédé relevant du domaine de l'inférence grammaticale. Manuscrit thèse bioinfo.