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L’Onema pilote et finance des recherches scientifiques menées en eaux douces et en eaux côtières (avec Ifremer). Il coordonne le plan d'échantillonnage des sédiments et des poissons. Il diffuse les données issues des analyses et validées par l'ANSES
Les données sont actuellement disponibles pour les départements de l'Aude (11), des Bouches-du-Rhône (13), du Calvados (14), des Charente-Maritime (17), de la Haute-Corse (2B), des Côtes d'Armor (22), du Finistère (29), du Gard (30), de la Gironde (33), de l'Hérault (34), de l'Ille-et-Vilaine (35), des Landes (40), de la Loire-Atlantique (44), de la Manche (50), du Morbihan (56), du Nord (59), du Pas-de-Calais (62), des Pyrénées Orientales (66) de la Seine-Maritime (76), de la Somme (80), du Var (83) et de la Vendée (85). Classement sanitaire La rubrique "Classement sanitaire" du site présente les quatre qualités de zones, ayant des conséquences sur la commercialisation des coquillages vivants.
Outre la qualité biologique et la qualité physico-chimique des cours d’eau, la Directive Cadre sur l’Eau impose désormais la prise en compte de l’hydromorphologie dans le programme de surveillance des eaux.