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PubMed : faire apparaître les conflits d'intérêts en bas des résumés ! Qu'en penser ? Progrès ou enfumage. Dans son bulletin de mars-avril 2017, PubMed annonce que les conflits d'intérêts apparaîtront en bas des résumés, quand ces déclarations existent dans les articles.

PubMed : faire apparaître les conflits d'intérêts en bas des résumés ! Qu'en penser ? Progrès ou enfumage

Est-ce un progrès ? Il existe des données suggérant que le simple fait de déclarer des liens d'intérêts diminue la crédibilité des articles. Déclarer les liens est important, voire obligatoire, mais encore faudrait-il que les revues vérifient ces déclarations, et que les rédacteurs et reviewers (open peer review) déclarent leurs liens d'intérêts. Dans les revues, les liens non financiers sont parfois plus dangereux que les liens financiers, et ces liens non financiers sont ignorés. Il existe un raccourci 'lien d'intérêt = argent' qui est réducteur. Du nouveau dans l’affichage de PubMed - Pour tout utilisateur de la base PubMed – et de surcroît pour tout formateur – la lecture du NLM Technical Bulletin est une source d’information incontournable pour suivre les évolutions de la base.

Du nouveau dans l’affichage de PubMed -

Deux billets récemment publiés annoncent des ajouts et modifications dans l’interface de PubMed. Ce billet fait le point sur les principales nouveautés. Archives ouvertes Dans le dernier numéro en date, on apprend que PubMed propose désormais une icône renvoyant vers le texte intégral de l’article lorsque celui-ci est disponible dans une archive ouverte institutionnelle, c’est-à-dire un réservoir d’articles en libre accès mis en place par une université ou un organisme de recherche, pour diffuser et valoriser les travaux de ses chercheurs (notamment).

Cette icône apparaît, lors de l’affichage d’une notice, en haut et à droite (dans l’exemple ci-dessous, Deep Blue, archive de l’université du Michigan), en complément des autres icônes déjà disponibles : Conflit d’intérêts Affichage des résultats. Une recherche PubMed sur des dénominations médicamenteuses devrait s’étendre aux mauvaises orthographes… ISOMERs. C’est le BMJ de Noël 2016 qui a publié un article très original, et pas uniquement humoristique.

Une recherche PubMed sur des dénominations médicamenteuses devrait s’étendre aux mauvaises orthographes… ISOMERs

Le titre « Nominal ISOMERs (Incorrect Spelling Of Medicines Eluding Researchers) – variants in the spellings of drug names in PubMed : a database review ». Des chercheurs anglais ont fait des requêtes sur PubMed avec des dénominations médicamenteuses. Il existe dans les bases des fautes d’orthographes, et les médicaments sont souvent mal orthographiés dans ces bases et dans les hôpitaux. Donc une recherche passe à coté des articles mal indexés, mal orthographiés, et pour les médicaments des fautes sont habituelles (savoir mettre les i et y au bon endroit !!). Ces chercheurs, sur de nombreux exemples, ont montré qu’en questionnant ces bases et en se limitant à l’orthographe correcte, ce n’était pas suffisant. Ils ont testé ces mots mal orhtographiés, et pas exemple, j’ai copié le tableau 1 avec le nombre de réponses selon les orthographes de amitriptyline.

Gaps in affiliation indexing in Scopus and PubMed. Meshable: searching PubMed abstracts by utilizing MeSH and MeSH-derived topical terms. PubMed Updates March 2017. NLM Technical Bulletin. 2017 Mar–Apr. Collins M.

PubMed Updates March 2017. NLM Technical Bulletin. 2017 Mar–Apr

PubMed Updates March 2017. NLM Tech Bull. 2017 Mar-Apr;(415):e2. The National Library of Medicine (NLM) is pleased to announce four upcoming enhancements to PubMed. 1. Conflict of Interest Statements (COIS) PubMed will include conflict of interest statements below the abstract when these statements are supplied by the publisher (see Figure 1). Figure 1. The corresponding tag for the MEDLINE display is COI. Veille bibliographique en Neurologie - Septembre à novembre 2016.

© Elena Schweitzer - Fotolia.com Voici les articles indexés pour les mois de septembre et octobre sur Pubmed lorsque vous tapez les mots clef suivant : (nous n'avons sélectionnés que les articles en lien avec notre métier) Lésions cérébrales (vasculaires, traumatique et acquises) (((((((stroke[Title/Abstract]) OR hemiplegia[Title/Abstract]) OR hemipares*[Title/Abstract]) OR traumatic brain injur*[Title/Abstract]) OR acquired brain injur*[Title/Abstract])) AND (((((((((rehabilitation[Title/Abstract]) OR physiotherapy[Title/Abstract]) OR physical therapy[Title/Abstract]) OR physical activity[Title/Abstract]) OR gait[Title/Abstract]) OR motor[Title/Abstract]) OR exercice[Title/Abstract]) OR stretch[Title/Abstract]) OR balance[Title/Abstract])) KIOSQUE Lésions cérébrales.doc (400 Ko) Lésions médullaires KIOSQUE Lésions médullaires.doc (491.5 Ko) Neurologie divers (Parkinson, Sclérose en plaques, Ataxies, Maladie de Huntington ...)

Veille bibliographique en Neurologie - Septembre à novembre 2016

What's New for 2017 MeSH. NLM Technical Bulletin. 2016 Nov–Dec. Searching for rare diseases in PubMed: a blind comparison of Orphanet expert query and query based on terminological knowledge. The development of PubMed search strategies for patient preferences for treatment outcomes. Announcement from the editorial office: MEDLINE indexing and PubMed - 2016 - Journal of Phycology. Meshable: searching PubMed abstracts by utilizing MeSH and MeSH-derived topical terms.

PubMed : le MeSH et les concepts supplémentaires - Au moment de parcourir le MeSH Database, en préalable à l’interrogation de la base PubMed, il arrive que l’on rencontre un type de descripteur dont on ne comprend pas toujours le sens, voire l’utilité : ce sont les Supplementary concepts.

PubMed : le MeSH et les concepts supplémentaires -

Que sont donc ces «concepts supplémentaires» et à quoi peuvent-ils servir pour interroger PubMed ? Quelques rappels sur le MeSH Pour commencer, rappelons que le MeSH (Medical Subject Headings) est un vocabulaire contrôlé (ou thésaurus), c’est-à-dire une liste de mots-clés normalisés et hiérarchisés, utilisé pour décrire le contenu des articles référencés dans PubMed. Le MeSH comprend (en 2016) environ 27.000 termes, répartis en 16 arborescences et couvrant l’ensemble du savoir biomédical. Le MeSH est mis à jour chaque année afin de prendre en compte les évolutions de la médecine et les nouvelles découvertes scientifiques.

Et les concepts supplémentaires ? Des substances chimiques et des médicaments ;des maladies orphelines. Un exemple : PubCrawler Web Service. BibliMed: a smart Medline interface. Understanding PubMed user search behavior through log analysis. Service Central d'Authentification (CAS) – Université Lyon 1. Analysis of PubMed User Sessions Using a Full-Day PubMed Query Log: A Comparison of Experienced and Nonexperienced PubMed Users. Pubmed.mineR: an R package with text-mining algorithms to analyse PubMed abstracts. Demystifying the Search Button. Identifying named entities from PubMed®; for enriching semantic categories. High-Performance Information Search Filters for CKD Content in PubMed, Ovid MEDLINE, and EMBASE. Testing search strategies for systematic reviews in the Medline literature database through PubMed.

Retrieving Clinical Evidence: A Comparison of PubMed and Google Scholar for Quick Clinical Searches. PubMed Online Training.